La colección de mamíferos se creó en 1979 inicialmente para resguardar los ejemplares colectados por diversos proyectos de investigación, así como por estudiantes en sus prácticas de campo. La colección se compone principalmente de ejemplares taxidermizados de murciélagos y roedores; también posee pieles, cráneos, esqueletos y huellas de otros grupos de mamíferos. Se cuenta con alrededor de 11,000 ejemplares que representan alrededor del 42% de la mastofauna nacional. Vale la pena señalar que, aunque es una colección con representación geográfica nacional, la gran importancia de esta colección radica en ser una colección regional, ya que se tiene bien representada la fauna de mamíferos de los estados de Guerrero, Querétaro y Oaxaca, aunque también se cuenta con ejemplares de importantes recolectas en los estados de Chiapas, Veracruz, San Luis Potosí, Hidalgo, Morelos, Puebla y Nayarit.

La representación taxonómica de la colección cuenta con 26 familias, 87 géneros y 220 especies; una parte importante de los ejemplares pertenecen a los órdenes Rodentia y Chiroptera, aunque también hay representantes importantes de Didelphimorphia, Cingulata, Pilosa, Lagomorpha, Eulipotyphla y Carnivora. El acervo cuenta con 13 ejemplares tipo, incluyendo la serie tipo de Habromys schmidlyi (11 ejemplares, holotipo y paratipos), además colecciones accesorias como muestras de tejidos congelados, huellas preservadas, así como una colección osteológica (esqueletos).

Personal asociado:
Dra. Livia León Paniagua, Curadora.